税転嫁を変更したあと、「強制締め処理（伝票照合）」を「する」にして請求書を出すとおかしくなります。

その時点の正しい設定に戻し、「強制締め処理（伝票照合）」を「する」にして再度請求書を発行してください。その後、現在の設定に変更してください。